La storia è ambientata nel XX secolo in una città immaginaria di nome Amestris.
Nel mondo di Full Metal Alchemist l'alchimia è la scienza che permette di trasmutare la materia attraverso l'utlizzo del Cerchio Alchemico.
I protagonisti sono 2 ragazzi di nome Edward e Alphonse che, alla morte della madre, tentano di resuscitarla trasmutando un corpo umano...